El médico introducirá el tubo a través del esófago pasando por el estómago, hasta llegar al duodeno. El aparato no perjudicará la respiración y no suele causar un dolor excesivo, sino que la molestia está en la posible sensación de deglución y vómitos, que se reduce con los calmantes suministrados.
La exploración suele durar entre 3 y 6 minutos aproximadamente, ya que se trata de una prueba bastante ligera a lo que a tiempo se refiere, por lo que debemos tener presente que las molestias producidas durante la exploración pasarán rápidamente.
Después de la exploración, se deben esperar unos treinta minutos para poder beber líquidos o comer, dependiendo de la cantidad de sedante suministrada, hasta que la anestesia haya desaparecido por completo. Una vez que el efecto ha pasado, se puede comer con normalidad cualquier tipo de alimento, aunque algunos pacientes padecen una ligera fatiga (como una sensación de picor) en la primera comida después de la prueba.
El resultado de la gastroscopia se conoce una vez finalizada la exploración, pero si se toman biopsias, entonces el diagnóstico definitivo no se conocerá hasta pasados varios días. En el caso de la gastroscopia para el bypass gástrico, se conoce el resultado al finalizarla.
Los riesgos que pueden surgir pueden ser: hipotensión, flebitis, reacciones alérgicas, infección, aspiración bronquial, hemorragias, distensión en el abdomen, perforación y paradas cardiorrespiratorias, pero se debe tener en cuenta que sólo aparecen en menos de 1 por cada 100 pacientes.